1.研究：本所研究風氣盛，在2003年教育部評鑑各大學研究中，本校位列第五名。
[2009/10/31法新社北京30日電]上海交通大學世界一流大學研究中心和高等教育研究所年度排名顯示：長庚大學、國立中央大學和國立陽明大學排名 402到501名內（亞太68到106名內），這項世界大學排名公佈於網站www.arwu.org。

2.設備：長庚蛋白質體核心實驗室(佔地約300坪)，建置於本校第一醫學大樓9樓，分為質譜儀區和樣品製備電泳區，其功能為操作基因體與蛋白質體相關的 實習課程之使用(二維蛋白質體學、比較二維蛋白質體學、質譜技術之應用和質譜定量蛋白質體學及待規劃之課程)，內部包括主要的教學設備和儀器。在樣品製備 電泳區：有一維及二維蛋白膠片電泳系統、spot picker、typhoon 9400、densitometer及多套分析電腦(內含Imagemaster、Decyder和質譜分析等軟體)；在質譜儀區：目前已有長庚大學資助 購買之數套高解析度質譜儀，包括MALDI-TOF/TOF、Esquire 3000 LC-MS/MS、HECT Ultra ion trap, micrOTOFQ, LTQ-Orbitrap, APEX-Q FTMS, HPLC和Beckman毛細管電泳儀。本核心實驗室設有專責管理與實際操作之編制人員，分析軟體和電腦也有專人管理與提供諮商。未來四年我們將強化本核心實驗室並進行儀器品質之升級。

3.生物資訊核心實驗室建置於本校第一醫學大樓9樓(樣品製備電泳區隔壁)，94年底正式啟用，內部設有電腦實習教室，並配置36 台個人電腦作教學用。另外於機房區建置伺服器SunFire 6800及PC Cluster。目前本中心已購買數套功能完備之軟體，包括Vector NTI、Genomax、PARACEL BLAST、PARACEL PTRANSCRIPT ASSEMBLIER、EMBOSS、SRS、BIOINFORMATICS LINUX CLUSTER、Automated Expressed、Sequence Tag Analysis Pipeline、Data-mining tools、Tripos Protein modeling and Docking system、Automated protein analysis pipeline等多套軟體，且收集及定期更新國外生物相關之資料庫，架構成校內之mirror site，並定期開設課程及提供資訊服務。蛋白質 結構與序列分析之課程將在此開課。

4.另外在第一醫學大樓7樓和8樓有兩間共同實驗室，分別可容納80及60人次，將提供為多個課程進行的場所。共同實驗室內配備教育部補助的生化儀器，如振盪器、恆溫箱、分光光度計、抽風櫃、離心機、水浴槽等。冷房及超高速離心機則設在共同實驗室附近，以方便樣品的準備及實驗操作，而且設有閉路電視提供實驗技巧之示範。

藉由整合醫院與校區各學院之人力、物力資源，使長庚體繫在研究領域上，能建立良好的基礎與競爭力。