有鑑於生物醫學研究之日新月異，配合本國醫學研究重點之發展，以及臨床應用之開發，長庚大學醫學院於1993年設立基礎醫學研究所，招收碩士與博士班研究生，並於2007年更名為生物醫學研究所(以下簡稱本所)，目標即為培育基礎醫學研究與生技產業高階人才。

本所師資陣容完整，以醫學院各基礎學科 (解剖學科，生化學科，分子生物學科，生理學科，藥理學科，公共衛生學科，寄生蟲學科，以及微生物及免疫學科)等各科教師，加上生物醫學系、醫技系、中醫系天然藥物組教師，超過90名具堅實生命科學素養，且有高度教學熱忱之學者，以研究導向為原則，並配合各教師之專長，整合為碩博士班4組，分別為：「生物化學暨細胞分子生物學組」、「微生物暨免疫學組」、「生理暨藥理學組」、與2022年起開始招生的「多體學資訊暨智慧運算學組」；以及加上博士班2組：分別為「生技組」與「天然藥物組」，完整涵蓋生物醫學各教學與研究領域。

碩士班及博士班的教學目標兼顧專門知識之探究及獨立研究能力的訓練，並啟發學生未來之研究潛力。課程設計方面，除了各組必修課程外，以本所教師研究專長及其發展方向為基礎，配合本所各領域之規劃，以及同學廣泛及均衡學習之需要，設立多門選修課程，加上邀請校內外各領域之學者專家舉行專題演講，可協助研究生依其興趣、專長、未來生涯規劃等進行修課的選擇。本校近年亦積極招收外籍學生，藉由多樣文化之國際化校園，加上鼓勵學生國際交流，積極培育學生的國際移動力與全球競爭力。

本所亦將配合國際潮流及我國經濟發展之需要，為台灣的基礎醫學及生物科技產業奠定基礎，擴大與世界各國家研究中心合作，以訓練優質研究生及博士後研究專才，進而培育出之各級研究人員，能夠參與國內外或本校之研究團隊，提升我國基礎醫學之研究水準、生醫產業競爭力、和國際聲譽與地位。